Marek Vagovič sa narodil v Bratislave. Vyštudoval históriu na Trnavskej univerzite. Od roku 2000 pôsobí v médiách, zaoberá sa hlavne prepojením politiky, biznisu a organizovaného zločinu. Písal pre tlačovú agentúru SITA, denníky Pravda a SME, týždenníky Domino fórum, .týždeň a portál Aktualne.sk. Od októbra 2015 do apríla 2022 viedol investigatívny tím portálu Aktuality.sk. V rokoch 2006 – 2023 bol dvadsaťkrát nominovaný na Novinársku cenu Nadácie otvorenej spoločnosti. Osemkrát cenu získal. V roku 2016 mu vyšla kniha Vlastnou hlavou: Ako predal Fico krajinu oligarchom. O dva roky neskôr napísal s kolegami z redakcie Aktuality.sk knihu Umlčaní: Príbeh Jána Kuciaka a Martiny Kušnírovej. V roku 2018 získal ocenenie Biela vrana. V roku 2020 mu vyšla kniha Vlastnou hlavou 2: Ako za Fica ovládla štát mafia.
Od apríla 2022 je externým komentátorom a moderátorom denníka Postoj. V novembri 2022 mu vyšla kniha Padreho klan: Thriller zo zákulisia policajnej mafie.