Spolu s bratom Karolom a sestrou Helenou sa narodil v rodine MUDr. Antonína Čapka (*1855 – † 1929) a jeho manželky Boženy (za slobodna Novotná, * 1866 – † 1924). Oženil sa s dcérou známeho vinohradského advokáta Jarmilou Pospíšilovou. V roku 1923 sa im narodila dcéra Alena, ktorá sa neskôr vydala za MUDr. Jaroslava Dostála.
V rodine ho volali Peča. Vychodil obecnú a meštiansku školu v Úpici a v rokoch 1901 - 1903 navštevoval nemeckú odbornú tkáčsku školu vo Vrchlabí. V škole nevynikal dobrým prospechom a preto istý čas pracoval ako robotník v úpickej tkáčovni F. M. Oberländera. Vďaka sestre Helene a jej snúbencovi JUDr. Františkovi Koželuhovi, ktorí presvedčili rodičov o praktickom využití štúdia na Umeleckopriemyselnej škole v Prahe, mohol v roku 1904 začať Čapek študovať na Umprum (Uměleckoprůmyslní škola) a tiež v tamojšej špeciálnej škole dekoratívnej maľby.
Z obdobia štúdia pochádzajú jeho prvé dochované kresby a olejomaľba V zahradě. Štúdium na Umprum ukončil v roku 1910 a v tom čase si začal dopisovať s Jarmilou Pospíšilovou, ktorá sa o deväť rokov na to stala jeho manželkou. Prvé výraznejšie olejomaľby a kresby ovplyvnené fauvizmom a expresionizmom vznikli na štúdijnej ceste, ktorú v rokoch 1910 a 1911 podnikol s bratom Karolom. Táto cesta ich zaviedla do Paríža a Marseille, navštívili aj Španielsko.
Bol spoluzakladateľom moderne orientovanej umeleckej spoločnosti s názvom Skupina výtvarných umelcov, ktorá sa schádzala v pražskej kaviarni Union. V tomto období namaľoval svoje prvé kubistické obrazy. V roku 1912 sa stal členom Spolku výtvarných umelcov Mánes. Spolu s Antonínom Matějčkom redigoval časopis Volné směry, ktorý spolok vydával. Už v tomto období vznikali prvé literárne práce, s bratom Karolom vydával generačný Almanach. Z Mánesovho spolku bol na základe nezhôd s jeho výborom vylúčený.
