Hellboya (Ron Perlman) počas druhej svetovej vojny privolal na Zem šialený Grigori Rasputin (Karel Roden), aby sa stal poslom apokalypsy. Z osídiel nebezpečného zločinca ho však zachránil zakladateľ tajného Úradu pre výskum paranormálnych javov profesor Trevor „Broom“ Bruttenholm (John Hurt), ktorý ho vzápätí vychoval ako svojho vlastného syna a pomohol mu rozvinúť jeho výnimočné schopnosti.
Hellboy sa napriek svojmu temnému pôvodu zaradil k bojovníkom na strane dobra. V úrade sa Hellboy stal súčasťou zvláštnej rodiny, do ktorej okrem neho a Brooma patrí aj telepatický „morský muž“ Abe Sapien (Doug Jones) a pôvabná Liz Sherman (Selma Blair), ktorá disponuje schopnosťou pyrokinézy. Všetci dohromady tvoria hlavnú obrannú líniu pred Rasputinom, ktorý chce získať Hellboya naspäť do svojej moci a využiť jeho silu na to, aby mohol rozpútať armageddon.
