Ve čtvrté a páté knize druhého dílu Hledání pravdy Malebranche v návaznosti na předchozí tři knihy pátrá po omylech, tentokrát spojených s lidskými sklony a s vášněmi. Na pozadí tohoto podniku se rovněž rýsují Malebranchovy představy o spojení lidského ducha s Bohem, tělem a s předměty vnějšího světa, k nimž nás vážou právě vášně. Úloha vypátrat a představit omyly zrozené z přirozených lidských sklonů a vášní je tak zároveň úlohou o vyjasnění poměru člověka k Bohu, ke světu a k druhým lidem.
Šestou knihou, nazvanou O metodě, se ovšem začíná Malebranchova pozitivní snaha o navržení a předložení takové metody, která usměrňuje ducha a dopomáhá mu k soustředěnému usilování o pravdu. V souvislosti s touto metodou jsou představeny jednotlivé pomůcky, jež mají lidskému duchu k takové soustředěnosti dopomoci, zároveň je však podrobena kritice Aristotelova fyzika a jsou revidovány některé výsledky a dílčí předpoklady fyziky Descartovy. Po šesté knize následují ještě dvě Vysvětlení, první blíže objasňující to, že pravdivé ideje věcí nahlížíme pouze v Bohu, druhé dokazující – vzdor Descartovi – bezprostřední nepoznatelnost lidské duše, již může poznat jedině Bůh, kdežto člověk ji pouze nezřetelně pociťuje.